La primera notícia documentada d’un possible establiment dels hospitalers al Penedès és de l’any 1108. Abans d’arribar a Vilafranca, l’orde militar, de caràcter religiós i militar, s’havia establert al poble veí de les Cabanyes (1135). El convent estava situat a l’actual plaça de Sant Joan. Tenia un claustre i era de dues plantes. La superfície aproximada era d’uns 900 m2. També va tenir un forn de pa des de l’any 1291, quan els castlans de Vilafranca van donar permís al prior o comanador d’aquell any, Arnau de Romaní, per fabricar-lo, i que així poguessin coure el pa necessari.
Umbert de Vilafranca, familiar dels castlans Vilafranca, va ser comanador de l’orde de Sant Joan de Jerusalem, que es va establir a la vila al segle XIII. Sabem que l’any 1170 els castlans Berenguer i Pere de Vilafranca van donar a l’hospital unes cases situades a Vilafranca. També l’any 1233 els castlans Guillem de Vilafranca i Bertran de Canyelles feren cessió a la comanda d’unes cases, que posteriorment van adquirir, per poder construir el convent. Això voldria dir que abans que els hospitalers es traslladessin des del petit poble de les Cabanyes a Vilafranca ja tenien algunes possessions a la vila. La seguretat i la protecció reial devien ser unes de les raons del canvi d’ubicació de l’orde.
El 1307 Umbert, que va manar la comanda de Vilafranca fins a l’any 1318, sembla que va començar la construcció de la capella de Sant Joan, que ens ha arribat fins avui. Coneixem els documents de l’any 1307 del batlle reial Geral de Troles autoritzant les obres, i del bisbe Ponç de Barcelona, que el 1309 concedí la llicència al prior i els germans de Sant Joan de Jerusalem perquè poguessin construir una capella, per a l’augment del culte i el benefici de les seves ànimes, i un cementiri per enterrar-hi els religiosos o donats a la comanda. Per estimular les deixes i almoines a l’orde, el bisbe concedí quaranta dies d’indulgència als que contribuïssin amb donatius a la construcció de la fàbrica de l’església. A principis del segle XV l’església romànica de Sant Joan ja estava edificada.
El llinatge noble i barceloní dels Gualbes va tenir molta influència en l’orde. Els frares Lluís i Gabriel Gualbes van ser comanadors al convent de Vilafranca durant diferents anys del segle XV. El 1808 la comanda va quedar abandonada i el 1845 va ser enderrocada. L’espai que va quedar, la plaça i quatre solars, va ser venut a particulars.